Сергій Коворотний народився 12 грудня 1977 року в селі Колісники Ніжинського району Чернігівської області. Закінчив 9 класів загальноосвітньої школи села Колісники.
18 листопада 1996 року призваний Ніжинським об’єднаним міським військовим комісаріатом на строкову військову службу до лав Внутрішніх військ Міністерства внутрішніх справ України. З 20 листопада 1996 року по 17 травня 1997 року проходив службу на посаді стрільця 2-ї окремої бригади Внутрішніх військ Міністерства внутрішніх справ України (військова частина 3002, міста Львів, Тернопіль, Рівне, Ужгород). З 19 червня 1997 року по 22 квітня 1998 року – командир відділення 10-го спеціального моторизованого полку Внутрішніх військ Міністерства внутрішніх справ України (військова частина 3030, місто Київ). 22 квітня 1998 року звільнений у запас.
У вересні 1998 року призваний Шевченківським районним військовим комісаріатом міста Києва на військову службу за контрактом до лав Збройних Сил України. З 9 вересня по 16 грудня 1998 року – курсант школи прапорщиків 90-го об’єднаного навчального центру Збройних Сил України (військова частина А2160, місто Котовськ (з 2016 року – Подільськ) Одеської області).
З 11 січня 1999 року по 27 листопада 2000 року – інструктор по водінню, з 27 листопада 2000 року по 14 липня 2004 року – старший інструктор батальйону навчально-бойового озброєння та техніки, з 14 липня 2004 року по 26 жовтня 2007 року – старший інструктор взводу навчально-бойового озброєння та техніки роти навчально-бойового озброєння та техніки батальйону навчально-бойового озброєння та техніки, з 26 жовтня 2007 року по 6 лютого 2014 року – старший інструктор взводу забезпечення навчального процесу роти забезпечення навчального процесу батальйону забезпечення навчального процесу 300-го навчального гвардійського танкового полку 169-го навчального гвардійського центру Сухопутних військ Збройних Сил України (військова частина А1414, селище міського типу Десна Козелецького району Чернігівської області).
З 6 лютого 2014 року – інструктор з водіння навчального взводу 197-го центру підготовки сержантського складу Сухопутних військ Збройних Сил України (військова частина А4224, селище міського типу Десна Козелецького району Чернігівської області).
З червня 2014 року брав участь в антитерористичній операції на сході України.
26 серпня 2014 року прапорщик Коворотний загинув внаслідок обстрілу російсько-терористичними угрупуваннями з реактивної системи залпового вогню БМ-21 «Град» позицій українських військових в районі селища міського типу Новосвітлівка Краснодонського району Луганської області.
12 вересня 2014 року похований на кладовищі Артемівського (нині – Садового) мікрорайону міста Шостка Сумської області.
5 лютого 2015 року в місті Шостка на фасаді будинку (вулиця Свободи, 42), в якому мешкав Сергій Коворотний, йому відкрито меморіальну дошку. У селі Колісники на фасаді будівлі загальноосвітньої школи (вулиця Гоголя, 18), де навчався прапорщик Коворотний, йому відкрито меморіальну дошку.
Нагороджений орденом «За мужність» ІІІ ступеня (23.05.2015; посмертно), медалями.