Сергій Настасенко народився 11 жовтня 1981 року в Сумах, у родині майстрів спорту з шашок Надії Іванівни та Олександра Григоровича Настасенків. Навчався в Сумській школі №12, згодом – у школі №10.
Працював учнем котельника-зварювальника в цеху №8 СМНВО ім. Фрунзе. В 1999 році в Навчальному центрі Сумського обласного центру зайнятості отримав професію столяра. Згодом працював за фахом – червонодеревником, у цій професії знайшов своє покликання.
30 червня 2016 року Сергій пішов на військову службу за контрактом до Збройних сил України. 25 липня 2016 року загинув в районі смт Верхньоторецького Ясинуватського району Донецької області, відбувши на службі менше місяця.