Петро Якович Дорошенко народився 17 (29).10.1857 у родовому хуторі Дорошенків Глухівського повіту Чернігівської губернії (нині с. Дорошенкове Шосткинського району Сумської області) у відомій гетьмансько-козацькій родині. Походив із бокової гілки старовинного козацько-старшинського роду Дорошенків (Климченки-Дорошенки). Його дитячі роки пройшли в Глухівському повіті. Освіту здобув у Новгород-Сіверській гімназії (1875) та на медичному факультеті Київського університету св. Володимира (1881). Одночасно він також захоплювався історією, слухав лекції відомого професора В. Б. Антоновича. Інтерес і любов до української старовини, рідного слова й письменства він виніс їз своєї сім’ї.
Після завершення навчання П. Дорошенка залишили ординатором в університетській клініці. Петро Якович, маючи змогу продовжити службу в Києві, у середині 1880-х рр. з дипломом хірурга повернувся до рідного Глухова, де обійняв посади міського лікаря та завідувача місцевої земської лікарні. Тут він одружився із дочкою глухівського повітового предводителя дворянства Марією Парменівною з відомої родини Марковичів. Одруження зблизило Петра Яковича із заможним українським панством. Цьому сприяло й отримання ним від матері з відомого роду Коропчевських маєтку у с. Баничі Глухівського повіту Чернігівської губернії та обрання його гласним глухівського повітового (з 1890), а згодом і чернігівського губернського земського зібрання. Петро Якович брав активну участь у вирішенні численних проблем рідного краю у сфері охорони здоров’я, освіти та будівництва. У 1903 р. з ініціативи та завдяки організаційній роботі П. Дорошенка у Глухові з’явився краєзнавчий музей.
У 1903 р. Петро Якович переїхав до Чернігова і став співробітником Чернігівської губернської вченої архівної комісії. Місцеве дворянство обрало його директором дворянського пансіону-інтернату для бідних дворянських дітей (1908). Був головою комісії по впорядкуванню музею В. Тарновського. Брав участь у справах міського самоврядування Чернігова.В період революційного піднесення 1917–1918 рр. П. Дорошенко займався культурно-просвітницькою роботою. П. Дорошенко став одним із засновників і директором української гімназії у Чернігові (1917) і сформованого в травні 1917 р. Комітету охорони пам’яток старовини і мистецтва на Чернігівщині (1917), мав дотичність і до створення в Чернігові народного університету – громадської установи, яка виникла з метою пропаганди наукових знань у місті та губернії.